1849 : Des crédits nécessaires sont débloqués, même si on constate que depuis 10 ans, la métallurgie et l’artillerie ont considérablement progressé. Est-il alors nécessaire de continuer la construction du Fort Boyard sachant que les innovations du matériel vont continuer au fil des années futures ? La réponse est oui ! Le Fort Boyard existera bien. Il sera de forme rectangulaire arrondi à ses extrémités. Prévu dans l’enrochement, il y a déjà des citernes et des soutes en sous-sol. Il faut maintenant réaliser le rez-de-chaussée, les deux étages supérieurs et la terrasse.
Coupe du Fort Boyard (1854) montant son aspect pour 1855-1856. Le sous-sol, le rez-de-chaussée et le premier sont terminés. Le 2e étage, la terrasse et la vigie (murs en jaunes) reste à construire.
1850 : Tout s'enchaîne, l’organisation du chantier est à nouveau exemplaire. La partie Nord du rez-de-chaussée est construite en premier.
1852 : Le rez-de-chaussée du fort est construit.
1854 : Le premier étage du fort est construit.
1856 : Le deuxième étage est construit.
1857 : La terrasse et le fût de la vigie sont construits, ce qui marque la fin du gros-œuvre.
1859 : Les aménagements à l’intérieur du fort sont construits, puis les premiers canons sont d’ores et déjà implantés. C’est au mois de décembre de cette même année, que la décision de construire un brise-lame et un havre d’abordage est prise. Pour le brise-lame, il s’agit d’une muraille 20 mètres à l’avant du fort (au Nord), en forme de chevron avec une ouverture a 120°. Pour le havre d'abordage, il s’agit de deux jetées de 22 mètres de long et 4 mètres d’épaisseur à l'arrière du fort (au Sud). Ce chantier va s’étaler sur quelques années seulement, grâce aux moyens plus importants mise en place.
Plan de la base du Fort Boyard (1854) montrant les blocs de l'enrochement artificiel, les jetées du havre d'abordage et le projet du brise-lames de type chevron (qui sera finalement un éperon)
1864 : Le havre d'abordage est construit. Le brise-lame pose des problèmes et le contrat de l’entrepreneur est résilié. C’est alors que la Marine décide de remplacer le brise-lame de type chevron, par un brise-lame de type éperon, s’appuyant directement sur la base du Fort. De ce fait, les vagues pourront se diviser de chaque côté du fort sans pour autant déferler. En même temps, les deux jetées du havre d'abordage sont déjà prolongées de 22 à 30 mètres, et une troisième jetée est construite depuis l'extrémité d'une jetée existante, dans le but de refermer partiellement le havre, créant ainsi une zone à l'abri des vagues.
Vue du Fort Boyard depuis l'une des jetées du havre d'abordage
6 février 1866 : Le procès-verbal d’achèvement du Fort Boyard est signé ! La bâtisse est protégée des vagues, on peut y accoster, elle peut maintenant prendre son véritable rôle : défendre la passe entre les îles d’Aix et d’Oléron !